Se você tem dois repositórios, em dois locais diferentes, e precisa saber se existem diferenças entre eles, você pode rodar um git diff entre ambos, pra ver as diferenças (se existirem, claro).

Levando em conta que você tem um repositorio_a, e quer comparar ele com um repositorio_b, faça o seguinte no repositorio_a:

# Vá até o repositorio_a
cd /home/usuario/repositorio_a

# Adicione o repositorio_b como um remote
git remote add -f b /home/usuario/repositorio_b

# Veja as diferenças
git diff master remotes/b/master

# Quando estiver satisfeito, remova o remote
git remote rm b

Fonte: Git: Getting the difference between two repositories