Para descobrir o encoding de um arquivo:

$ file -I original.csv
original.csv: text/plain; charset=iso-8859-1

No exemplo, o arquivo tem o encoding ISO-8859-1. Agora, se eu quiser converter este arquivo para UTF-8, por exemplo, o comando é o seguinte:

$ iconv -f iso-8859-1 -t utf-8 < original.csv > copia.csv

Depois, se necessário, dá pra retirar os caracteres de fim de linha do windows.

Fonte: uso do comando file, e uso do comando iconv.