Após fazer mudanças nas configurações do Spotlight, pode demorar um pouco até que elas sejam aplicadas. Isto acontece porque, após as mudanças, o Spotlight precisa refazer o seu índice.

Se ele não começou a reindexar os seus discos após uma mudança na configuração, você pode forçar o OS X com o seguinte comando:

sudo mdutil -E /

De acordo com a man-page, a opção -E faz o seguinte:

     -E  This flag will cause each local
         store for the volumes indicated to
         be erased.  The stores will be
         rebuilt if appropriate.