Você precisa modificar a configuração no Dconf, no caminho /org/gnome/deja-dup/, schema org.gnome.DejaDup, chave delete-after. Ali docê coloca o número de dias que você quer manter os arquivos de backup na localização configurada.

Por exemplo, se você quer guardar seus backups por 2 meses (ou 60 dias), execute este comando no Terminal:

gsettings set org.gnome.DejaDup delete-after 60

Você também pode fazer isso usando o dconf-editor:

O utilitário Déjà Dup vai fazer a alteração instantaneamente, adicionando este número de dias como uma opção:

Detalhe importante: o Déjà Dup, internamente, tenta manter pelos menos dois backups completos no local de armazenamento. Por isso, se você definir um valor menor que 6 meses na chave delete-after, você também precisará colocar a metade deste valor na chave full-backup-period.

Fonte e imagens: AskUbuntu