A query a seguir lista todas as queries que estão em execução no seu servidor SQL Server.

SELECT      sqltext.TEXT,
            req.session_id,
            req.status,
            req.command,
            req.cpu_time,
            req.total_elapsed_time
FROM        sys.dm_exec_requests req
CROSS APPLY sys.dm_exec_sql_text(sql_handle) 
AS          sqltext

Uma das colunas acima é a session_id. Se você acha que uma delas está rodando a mais tempo que o necessário, basta usar a query abaixo para encerrar a conexão responsável por esta query, e terminar sua execução:

KILL [session_id]

Fonte: Pinal Dave (http://blog.SQLAuthority.com)