Ele sempre funciona nas horas mais incômodas. Ele sempre apita quando você não quer acordar alguém. Estamos falando do alto-falante da sua placa-mãe, também conhecido como Speaker.

Se você quiser silenciá-lo temporariamente, desabilite o módulo do kernel que controla-o. Assim:

sudo modprobe -r pcspkr

Se quiser silenciá-lo para sempre (ou pelo menos até a próxima instalação do Ubuntu), edite o arquivo /etc/modprobe.d/blacklist e adicione a seguinte linha nele:

blacklist pcspkr

E não incomode mais ninguém!